Болничната аптека е разкрита в състава на МБАЛ „Св. Иван Рилски” Козлодуй ЕООД. Аптеката се управлява от магистър-фармацевт. Осигурява болничните отделения с медикаменти, диагностични средста и консумативи и не може да работи с пациенти срещу заплащане.

Със заповед на управителя се определят редът на изписване на лекарства, тяхното съхранение и раздаване на пациентите, както и воденето на съответната документация.